长荣航空自2000年7月29日凌晨起所有航班均由二期航站起降，率先使用台湾桃园国际机场第二航厦，为台湾领空打造更宏观的愿景，并期使新航厦启用后，搭乘长荣航空的旅客在步入航厦后便能享受本公司周到的优质服务，让每一回搭乘长荣之旅都能尽善尽美。
第二航厦本公司报到柜台为三楼出境大厅4、5、6、7、8号柜台，登机门分布于机场之"C"侧(C Wing)，"D"侧(D Wing)，分别为C1-C10，及D1~D10号登机门，本公司航班多数停靠C1-C10及D6-D10，第二航厦的行李输送设备系采全自动化之行李分拣系统，行李较第一航厦现行之人工分拣行李方式迅速精确。
第二航厦基本资料
| 启用日期 |
2000年7月28日 |
| 楼层数 |
地面4层，地下2层 |
| 建物高度 |
47.3公尺 |
| 南候机廊厅总面积 |
208,000平方公尺 |
| 年容量 |
17,000,000人次 |
| 尖峰小时 |
5,000人次（入出境双向） |
| 登机门 |
20个 |
| 客运机坪 |
20个 |
| 接驳机坪 |
7个 |
| 停车场胃纳 |
小客车4,133辆，大巴士102辆 |
| 航空公司 |
长荣航空、立荣航空、全日空、美国航空、新西兰航空、加拿大国际航空、澳洲航空、新加坡航空、联合航空 |
| 交通 |
联外：捷运（尚未动工）、客运巴士、出租车、租车
航厦管制区：自动电车系统 (往返第一航厦与第二航厦) |
第二航厦楼面简介
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楼层功能 |
主要空间规划 |
| B2 |
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捷运系统车站、机械房 |
| B1 |
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行李处理室、餐厅、机械房、捷运系统川堂、室内停车场 |
| 1F |
入境层 |
入境行李提取大厅、海关行李检查柜台、迎客大厅、服务台、巴士等候休息室、旅馆∕租车服务柜台、医疗中心、航警∕海关办公室、银行、花店 |
| 2F |
入境夹层 |
入境走廊、入境证照查验大厅、航站办公室、航警∕境管∕海关办公室、转机休息室、银行 |
| 3F |
出境层 |
出境报到大厅、出境证照查验大厅、出境转机休息大厅、一般商店区、免税商店区、电视墙室、游乐室、银行、邮局、航警∕海关∕航空公司办公室、出境走廊、候机室 |
| 4F |
出境夹层 |
航空公司贵宾室、中餐区、西餐区、商务中心、休息室、办公室、旅馆区 | |